U Egiptu je 1938. tim arheologa, među kojima je i Cecil Fredericks ( Dick Van Dyke ), otkrio grobnicu faraona Ahkmenraha i njegovu ploču te je odmah bio upozoren od lokalnog stanovništva da da će pomicanjem ploča izgubiti svoju magičnu moć. Danas Larry Daley ( Ben Stiller) i dalje radi kao čuvar u prirodoslovnom muzeju u New Yorku, u kojem, zahvaljujući čarobnoj ploči, među ostalim izloženim figurama živi i Ahkmenrah ( Rami Malek ), koji upozori Larryja da se ploča počela raspadati te su se svi izložbeni primjerci zbog toga počeli ponašati nepredvidljivo, što je dovelo i do kaosa na nedavnom otvaranju planetarijuma.

Larry se ponovno susreće sa Cecilom, koji je sada u mirovini, koji zna da ploča gubi moć te da će svi muzejski primjerci uskoro postati beživotni. No postoji način da se ploča obnovi, a to mogu učiniti Akmenrahovi roditelji, koji se nalaze u Britanskom muzeju, u Londonu.

Treći i posljednji nastavak o čuvaru noćnog muzeja, čije su izložbene figure oživjele, okuplja poznatu filmsku družinu na čelu s Benom Stillerom , svojevrsnu kremu zvijezda komedije američkog filma, ali i britanske scene. Uz prije spomenutog Stillera, tu su pokojni Robin Williams , Owen Wilson , Ricky Gervais , Steve Coogan i Remi Malek , koji jeosvojio svog prvog Oscara za savršeno utjelovljenje legendarnog Freddieja Mercuryja u filmu 'Bohemian Rhapsody'.